История ГБУ «Фармация» начинается с 1957 года, когда для обеспечения лекарственными препаратами жителей поселка Заря был открыт первый аптечный пункт. За 65-летнюю историю название и место расположения аптеки (филиалов) неоднократно менялись.

Нынешний статус государственного бюджетного учреждения аптека носит с 04 марта 2020 года. В соответствии с Распоряжением Главы администрации города Байконур от «22» ноября 2019 г. №01-529р., Государственное унитарное предприятие «Фармация» преобразовано путем реорганизации в Государственное бюджетное учреждение «Фармация» (дата создания 04.03.2020 г.).

ГБУ «Фармация» служит удовлетворению потребностей населения города в высококачественной помощи лекарственными препаратами, обеспечению проводимых учреждениями и организациями здравоохранения лечебно-профилактических и противоэпидемических мероприятий медикаментами и изделиями медицинского назначения. ГБУ «фармация» играет ведущую роль в обеспечении качественной лекарственной помощи труженикам Байконура, предоставляя весь комплекс фармацевтических услуг. Она является единственной аптекой в городе, которая имеет лицензию на право работы с сильнодействующими наркотическими средствами и психотропными веществами.

ГБУ «Фармация» в соответствии с Государственным заданием осуществляет:

• реализацию государственной политики в сфере охраны здоровья жителей города Байконур, хранение и отпуск лекарственных средств для медицинского применения, наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров, согласно Постановления Главы администрации города Байконур от 07 июня 2019 г. №248 «Об организации обеспечения лекарственными препаратами, специализированными продуктами лечебного питания и изделиями медицинского назначения при амбулаторном лечении отдельных категорий граждан Российской Федерации и граждан Республики Казахстан, работающих в российских организациях комплекса «Байконур» на основании трудового договора, из числа жителей города Байконур, по рецептам врачей бесплатно или с 50-процентной скидкой со свободных цен, в соответствии с международными договорами и соглашениями по комплексу «Байконур», Федеральным законом от 21 ноября 2011 г. №323 — ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации»;
• Учет, отпуск, хранение лекарственных препаратов предусмотренных перечнем лекарственных препаратов лицам, больным гемофилией, муковисцидозом, гипофизарным нанизмом, болезнью Гоше, злокачественными новообразованиями лимфоидной, кроветворной и родственных им тканей, рассеянным склерозом, гемолитико-уремическим синдромом, юношеским артритом с системным началом мукополисахаридозом I, II и VI типов, лицам после трансплантации органов и (или) тканей;
• Деятельность по обороту наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров списка II — III, согласно требованиям статьи 23 Федерального закона "О наркотических средствах и психотропных веществах" и порядка их распределения, отпуска и реализации, установленного постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июля 2010 г. N 558.
• Фармацевтическую деятельность, торговлю лекарственными средствами и товарами медицинского назначения.